Anledningen är att en spelare i laget har testats positivt för coronaviruset, meddelar det europeiska fotbollsförbundet Uefa.
Enkelmötet i den förta kvalomgången var tänkt att spelas den 19 augusti men sköts sedan upp till den 21 för att sedan ställas in helt och hållet.
Bratislava var tvunget att redovisa en lista med spelare som testat negativt och därmed var godkända för spel. En spelare lämnade dock in två positiva tester.
Uefas överklagandekommitté kom därför fram till att matchen inte kunde spelas och att Klaksvik tilldöms segern med 3–0 och går vidare till nästa omgång mot schweiziska Young Boys.