"Förra tisdagen tvingades jag genomgå en akut hysterektomioperation i min pågående kamp mot endometrios. Jag återhämtar mig nu och behöver tid och tålamod för att bli fullt frisk", säger hon i ett uttalande till Chelseas webbplats.
Nu kommer hennes assisterande tränare Denise Reddy och Paul Green att ta över ansvaret tills vidare i laget där tre svenska landslagsspelare återfinns – lagkaptenen Magdalena Eriksson, Johanna Rytting-Kaneryd och målvakten Zecira Musovic.
Emma Hayes, 45, har tränat Chelsea sedan 2012 och tagit laget till sex engelska mästerskapstitlar, varav tre i rad mellan 2020 och 2022.
Förra säsongen vann Chelsea också FA-cupen för andra året i rad. I Champions League har laget som bäst gått till final 2021, där det dock blev förlust i finalen i Göteborg mot Barcelona.
Efter tre spelade omgångar av den här säsongens ligaspel ligger laget på fjärde plats.
I en hälsning till lagets supportrar säger hon:
"Jag vet att ni respekterar att min hälsa kommer först och i nuläget måste jag prioritera mig själv. Jag förväntar mig att bli fullt frisk och ser fram emot att träffa er inom överskådlig framtid".