En avdelning av City-läktaren hördes bua efter att Michael Oliver blåst i sin domarvissla för att starta den tysta minut som skulle hedra de 97 Liverpoolsupportrar som omkom i 1989 års FA-cupsemi mot Nottingham Forest.
Buropen skapade ilska hos flera Liverpoolspelare och supportrar och den tysta minuten fick avbrytas i förtid.
Nu har Manchester City bett om ursäkt för fansens beteende.
"Manchester City är extremt besvikna på beteendet som uppvisats av några av City-supportrarna under den tysta minuten före dagens match. Klubben ber uppriktigt om ursäkt till alla kopplade till Liverpool." säger en talesperson för klubben enligt brittiska medier.
Även tränaren Pep Guardiola var besviken.
– Det här är inte Manchester City. Vi står tillsammans med Liverpool när det kommer till tragedin som hände för flera år sedan. Buropen representerar inte de vi är, sade Guardiola efter matchen.
Liverpools tränare Jürgen Klopp sade att klubben är medveten om att Manchester City inte står bakom fansens agerande.
– Vi har aldrig trott att det var Manchester City. Det var några personer som inte förstod situationen och det är inte trevligt. Det kändes fel i stunden men det hade inget att göra med City och så klart accepterar vi det, sade han.
Liverpool vann matchen med 3–2 och är därmed i sin första FA-cupfinal sedan 2012.