Krasnodar vann med 2–1 och landslagskollegan Marcus Berg hade en fot med i Remy Cabellas segermål i den andra halvleken.
Berg spelade fram fransmannen.
Mittfältaren Kristoffer Olsson var tredje svenske landslagsmannen på planen från start mot Paok Thessaloniki. Grekerna fick en gyllene chans att ta ledningen redan efter sju minuter, sedan en hemmaspelare fått bollen på armen.
Men Matvej Safonov tog Dimitrios Pelkas svagt slagna straff.
Pelkas fick revansch drygt en halvtimma senare, när han styrde in inspelet som gav grekerna det så viktiga målet på bortaplan. Glädjen blev kortvarig. Kort senare lättade Claesson med en chip in kvitteringen mitt i målet på en tveksamt dömd straff.
Claesson, som kämpat sig tillbaka efter en svår knäskada, har haft några fina dagar. Han stod för två mål och två målgivande passningar i Krasnodars 7–2-seger i ryska ligan i fredags.
Returen spelas i Thessaloniki i nästa vecka.
Midtjylland – med Jens Cajuste och Joel Andersson i startelvan – klarade 0–0 borta mot Slavia Prag medan Salzburg vände 0–1 till 2–1 borta mot Maccabi Tel Aviv.