Det är ännu oklart om det är spelare eller ledare i Atlético Madrid som smittats av coronaviruset.
"Vi ber om yttersta respekt gällande identiteterna av de två bekräftade fallen", skriver den spanska fotbollsklubben i ett uttalande på sin webbplats.
Beskedet kommer dagen före lagets planerade avresa till Portugals huvudstad Lissabon. Där "Atléti" om fyra dagar, på torsdag, möter tyska RB Leipzig, med svenske landslagsmittfältaren Emil Forsberg, i Champions League-slutspelets ena kvartsfinal.
"Alla i laget och bland klubbens representanter till Lissabon testades enligt Uefas (Europeiska fotbollsförbundets) regelverk för att delta i Champions Leagues kvartsfinal", skriver Atlético Madrid och fortsätter:
"Bland dagens provsvar framkom två positiva test och de har isolerats i sina respektive hem."
Både fotbollsförbunden och hälsomyndigheterna i Spanien och Portugal har informerats om de bekräftade coronafallen som kan påverka Atléticos resa till slutspelsstaden.
"Klubben kommer att koordinera ett nytt upplägg med Uefa och så fort det finns en ny plan kommer vi att offentliggöra den", skriver Atlético Madrid.