Malmö FF behövde seger för att hänga med Elfsborg och Häcken i tabelltoppen. De tre poängen gör att man nu är på samma poäng som Häcken och en poäng efter serieledande Elfsborg.
Segern var också MFF:s första sedan Pontus Jansson vände hem från Brentford.
– Det här ger oss jättemycket, det ger oss bra självförtroende till nästa match, säger Isaac Kiese Thelin till Discovery+.
Han gjorde 1–0 i den 24:e minuten. Efter en trasslig situation efter hörna lyckades han peta bollen i mål.
Värnamo, som inte alls hade någon respekt för storlaget utan trummade på med sin anfallsfotboll, kvitterade tre minuter senare genom Oscar Johansson som pricksköt bollen i mål vid bortre krysset.
Matchen saknade verkligen inte målchanser, men det dröjde till den 73:e minuten, och först efter ett spelarbyte, som hemmalaget kunde avgöra. Inbytaren, dansken Søren Rieks, sköt mellan benen på Värnamo-målvakten Pilip Vaitsiakhovich.
Värnamo försökte få till en kvittering, men MFF kunde hålla undan. I den tredje tilläggsminuten gjorde Kiese Thelin sitt andra mål för kvällen. Han är nu i delad skytteligaledning på tolv gjorda mål.
– När vi kommer till tillräckligt många chanser då blir det mål. Vi har kontroll, men vet också att vi kan bättre – men vinner ändå med 3–1, säger Kiese Thelin.
Värnamo är kvar på elfte plats i tabellen efter 18 spelade matcher.