Nice-supportrar stormade planen och konfronterade bortalagets mittfältsstjärna Dimitri Payet vid ställningen 1–0 i den 76:e minuten.
Payet hade innan dess kastat tillbaka en plastflaska i publiken som någon från läktaren slungat mot honom.
Payet hade utsatts för flaskkast varje gång han slagit en hörna tidigare under matchen.
I samband med att det blev bråkigt på planen leddes spelarna av planen av domarna.
En stund senare kom beskedet att matchen skulle återupptas, men det var bara Nice som klev ut på planen igen. Därmed kunde matchen inte slutföras och hemmalaget tilldelades segern med 3–0 i enlighet med ligans regelverk.
Enligt det sändande bolaget Amazon försöker Marseille få till ett omspel i stället, rapporterar tyska nyhetsbyrån DPA.
– Ligan har beslutat att fortsätta. Vi har beslutat, med hänvisning till våra spelares säkerhet som blivit attackerade, att inte fortsätta matchen, sade Marseilles ordförande Pablo Longoria.
Ligaorganisationen i Frankrike har nu kallat båda klubbarna till förhör, som är planerade att genomföras på onsdag.
Under måndagskvällen greps en man, misstänkt för att ha slagit en Marseille-spelare. Lokala myndigheter meddelade också att hela den södra läktaren på Allianz Riviera kommer att stå tom under de kommande fyra matcherna. Dessutom ska ett staket, som förhindrar att publiken kastar in föremål, installeras så snart som möjligt.
Marseilletrion Luan Peres, Mattéo Guendouzi och Payet ska ha fått skador i kaoset. Även Nicespelarna Jean-Clair Todibo och Justin Kluivert ska ha blivit utsatta för våld av Marseilles säkerhetsvakter.