Händelsen inträffade utanför arenan efter Brasiliens seger mot Sydkorea på måndagskvällen.
Videon publiceras av amerikanska La Opinión och visar hur Eto'o attackerar mannen.
Kamerun och Algeriet möttes i VM-kvalet den 29 mars i år. Efter matchen var Algeriet missnöjt med domarinsatsen. Mannen som nu attackerades uppges ha provocerat Eto'o angående just den matchen, samtidigt som han filmade den tidigare stjärnanfallaren.
"Han slog mig"
En algerisk sociala medier-personlighet, Said Mamouni, publicerade sedan en video på Youtube där han sade att han var personen som attackerades av Eto'o och att han var på en qatarisk polisstation för att lämna in en anmälan.
– Han slog mig och en av hans medföljare knuffade mig, säger Mamouni enligt nyhetsbyrån AP.
Han berättar vidare att Eto'o blev våldsam efter att Mamouni frågade honom om han hade mutat den gambianske domaren Bakary Gassama som dömde kvalmatchen mellan Kamerun och Algeriet.
Eto'o kom under tisdagseftermiddagen med en ursäkt via sina sociala medier-kanaler.
"Jag ber om ursäkt för att jag tappade humöret och reagerade på ett sätt som inte stämmer överens med den jag är som person. Jag ber om ursäkt till allmänheten för den här olyckliga situationen", skriver han.
"Målet för förolämpningar"
Eto'o skriver vidare att han kommer fortsätta stå emot de "outtröttliga provokationerna och dagliga trakasserierna från vissa algeriska supportrar".
"Jag har varit målet för förolämpningar och anklagelser om fusk utan några bevis", skriver Eto'o.
Samuel Eto'o är på plats i Qatar dels i egenskap av förbundsordförande, dels som ambassadör för VM. Efter incidenten ska han inte ha velat prata med journalister. Kameruns fotbollsförbund har heller inte kommenterat saken.