Mitt under ett styrelsemöte på torsdagen träffade sju skott förbundets lokaler i Istanbul. Turkiets fotbollsförbund uppger att ingen skadades i attacken och att gärningsmännen gripits i ett uttalande på sin webbplats.
Turkiets inrikesminister Süleyman Soylu uppger, enligt Goal, att det finns två misstänkta och hävdar att båda var "berusade" i samband med attacken.
Fifa och Uefa fördömer nu beskjutningen tillsammans.
"Så mycket som vi är lättade över att dessa handlingar inte resulterade i några skador, beklagar vi att det fortfarande finns människor som kan utföra sådana brott utan respekt för människors liv eller säkerhet", går att att läsa på båda förbundens webbplatser.
Förbunden tar även avstånd från alla former av våld, och ger Turkiets fotbollsförbund sitt fulla stöd.
"Fifa och Uefa fördömer gemensamt denna våldsamma handling och uttrycker vårt fulla stöd för TFF (Turkiets fotbollsförbund) och dess personal i denna svåra tid. Våld är en sjukdom som inte kan tolereras i någon form", skriver förbunden.