Det Internationella fotbollsförbundet säger i ett uttalande att man har "nolltolerans mot sådant avskyvärt beteende".
Det var i början av matchen på den engelska nationalarenan som flera av de tillresta ungerska supportrarna gick till attack mot några publikvärdar. Polis fick komma till undsättning och bråket pågick i flera minuter. En ungersk supporter greps i samma veva för att ha fällt rasistiska kommentarer till en publikvärd.
Händelserna på Wembley är bara den senaste i raden av skandaler med rasistiska förtecken inom fotbollen. Bland annat i VM-kvalmötet mellan just Ungern och England i Budapest i september fick de engelska spelarna Raheem Sterling och Jude Bellingham motta rasistiska kommentarer från publiken. Det ledde till att Ungern tvingades spela förra veckans VM-kvalmatch mot Albanien inför tomma läktare.
Den tidigare brittiske idrottsministern Oliver Dowden menar att fotbollen inte har lyckats ta itu med rasismen.
– Det är tydligt att det finns ett underliggande problem med rasism inom fotbollen, säger han till brittiska tv-kanalen ITV.
Även VM-kvalmötet mellan Albanien och Polen i Tirana utreds av Fifa, då flaskor kastades in på planen sedan Polen gjort mål.