Frappart blev tilldelad matchen av det franska fotbollsförbundet (FFF).
Matchen mellan Nice och Nantes spelas på Stade de France den 7 maj.
"Hennes utnämning är välförtjänt", säger Pascal Garibian, teknisk chef för domare, i ett pressuttalande från FFF.
Den 38-åriga domaren, som sade att hon var "glad och stolt" över att blivit utsedd, var också den första kvinnan att döma en match i herrarnas högstaliga i Frankrike 2019.
Hon dömde även en Champions League-match för herrar året efter.