Ghana tog sig vidare till VM tack vare fler gjorda bortamål, efter att hemmamötet slutat 0–0.
Ghanas mål kom i den tionde minuten genom stjärnan Thomas Partey, till vardags i engelska Arsenal.
Nigerias kvitterade på straff genom Watfordspelaren William Troost-Ekong i den 21:a minuten, vilket blev slutresultatet.
Qatar-VM blir Ghanas fjärde.
Kvällens andra playoffmöte mellan Senegal och Egypten gick till förlängning efter 1–0-ledning till hemmalaget Senegal efter full tid.
Lagets mål gjordes redan i den tredje matchminuten genom Villareal-anfallaren Bouyale Dia.
Även Egypten vann sitt hemmamöte med 1–0.