Gnabry drabbades av coronaviruset i höstas. Nu är han på nytt isolerad i sin bostad.
För Bayern – den regerande mästarklubben – är det en tung smäll i och med att klubben redan saknade skyttekungen Robert Lewandowski på grund av en knäskada.
Den polske landslagsanfallaren har vräkt in mål den här säsongen. Han är uppe på totalt 42 mål, varav fem i Champions League.
Bayern inleder kvartsfinalen hemma. Returen spelas på tisdag i nästa vecka på Parc des Princes i Paris.
Även PSG har spelare isolerade på grund av covid-19. Försvararen Alessandro Florenzi och mittfältaren Marco Verratti befinner sig i karantän.
Minst sex italienska landslagsspelare har testats positivt sedan VM-kvalsamlingen.