Lindvall har de senaste åren bland annat suttit med i damfotbollens motsvarande organisation, Elitfotboll Dam. Han har även en bakgrund som sportjournalist och kommer senast från en roll som vd för Visby golfklubb.
"Jag har jobbat direkt och indirekt med svensk fotboll under 25 års tid och att nu få möjligheten att jobba professionellt med utvecklingen av svensk elitfotboll känns oerhört stimulerande", säger Johan Lindvall i ett pressmeddelande.
Mats Enquist meddelade i oktober förra året att han lämnar rollen som Sefs generalsekreterare i samband med årsmötet i mars.