Björkegren ledde Linköping till SM-guld 2017 och kommer närmast från en sejour som huvudtränare i Racing Louiseville i den amerikanska högstaligan NWSL.
Malmö FF var överlägset den här säsongen i division 1 södra, vann samtliga sina 26 matcher och slutade 24 poäng före tvåan IFK Göteborg.
"Det känns som en spännande resa att få vara med på. Jag har hållit på med fotboll sedan jag var liten och blev huvudtränare som 25-åring. Genom åren har jag haft olika konkreta mål och uppfyllt många, som SM-guld och utlandsäventyr. Nu kändes det helt rätt när Malmö FF kom in i bilden", säger Björkegren enligt ett pressmeddelande från MFF.
Björkegren har skrivit ett tillsvidarekontrakt.