Men i FA-cupmötet med Manchester City, 0–6, saknades svensken.
Mittbacken var en del av laget under uppvärmningen till kvartsfinalen men sedan satt han inte ens på bänken.
Klubben har inte informerat något kring situationen.
24-årige Ekdal, som i onsdags spelade 70 minuter mot Hull i Championship, är uttagen i Sveriges EM-kvaltrupp som samlas på måndag för matcher mot Belgien på fredag och Azerbajdzjan tre dagar senare.
I kvartsfinalen hade Burnley inget att sätta emot stjärnlaget City. Manchester-klubben vann stort – och norrmannen Erling Braut Haaland stod för matchens tre första mål.
FA-cupens kvartsfinaler fortsätter på söndagen med Sheffield–Blackburn, Brighton–Grimsby och Manchester United–Fulham.