Klubben kom under natten med beskedet att nyförvärvet fått en tumör i testiklarna.
"Denna nyhet i dag kom som en chock för Sebastien Haller och för oss alla. Hela BVB-familjen önskar Sebastien ett fullt tillfrisknande så snart som möjligt och att vi snart kan krama honom igen. Vi kommer att göra allt som står i vår makt för att se till att han får bästa möjliga behandling", skriver klubbens sportchef Sebastian Kehl på hemsidan.
Haller hade efter måndagsträningen sagt att han inte mådda bra varpå medicinska undersökningar gjordes som bekräftade tumören. Ytterligare undersökningar ska göras i dagarna på en specialistklinik.
28-åringen värvades från holländska Ajax som direkt ersättare till norske superstjärnan Erling Braut Haaland som gick till Manchester City. På 65 matcher gjorde Haller starka 47 mål och 16 assist.
Ivorianen har lämnat klubbens försäsongsläger i Schweiz.