17-åringen blev utbytt efter en halvtimme i mötet med Brommapojkarna förra torsdagen – och nu meddelar klubben att korsbandet är av.
"Säsongen hade bara börjat och jag såg fram emot väldigt mycket det här året. Jag har dock fått bästa möjliga hjälp och har redan opererats för att påbörja resan tillbaka", säger Wangerheim i ett uttalande på klubbens hemsida.
Hammarbys sportchef Johan Lager:
"Fruktansvärt tråkigt för Ellen att råka ut för en sådan allvarlig skada, alla i laget lider med henne. Ellen har haft en otrolig utveckling hos oss och har betytt mycket för oss".
Wangerheim hann med åtta matcher i damallsvenskan den här säsongen, på vilka hon noterades för två gjorda mål.