Hallandsderbyt såg länge ut att sluta mållöst men i den 82:a minuten spräckte Viktor Granath nollan från straffpunkten.
Varberg kom dock tillbaka och kvitterade genom Oliver Alfonsi i den 89:e minuten.
Där och då såg det ut som att det skulle sluta 1–1.
Men HBK kontrade och efter en tilltrasslad situation satte Oliver Stanisic bollen i eget mål. Stanisic försökte rensa men träffen blev en lobb över en chanslös Stojan Lukic i Varbergmålet.
Nykomlingen Halmstad har efter tolv matcher 19 poäng och är sjua i tabellen. Varberg sist med fem ynka poäng efter lika många matcher.
– Det gäller att få med sig resultat, bara att gnugga vidare. Det kommer en välbehövlig semester men det är svårsmält det här, säger Varbergs tränare Joakim Persson.