Aubameyang, Axel Meyé och Mario Lemina har alla haft covid-19 och undersöktes därför av Afrikanska fotbollsförbundets medicinska kommission inför matchen. Då upptäcktes lindriga skador på deras hjärtan, och de fick spelförbud.
Det gabonesiska förbundet säger att det inte är något allvarligt, men att man inte vill ta några risker.
Utöver nämnda trio saknade Gabon ytterligare två spelare, Sidney Obissa och Lloyd Palun, mot Ghana, efter positiva covid-19-tester häromdagen.