Han kan därför inte leda laget i hemmamatchen mot Brentford på lördag.
Matchen är Howes första sedan han tog över som huvudtränare.
– Jag är väldigt besviken att jag inte kommer vara med er alla på St James' Park i morgon, men det är otroligt viktigt att jag följer riktlinjerna och sätter mig i karantän, säger han.
– Jag vill försäkra er om att jag mår bra, och även om det är ovälkomna nyheter för mig, så vet jag att det inte har förstört våra förberedelser inför vad som är en viktig match.
Howe presenterades av Newcastle i förra veckan. Den 43-årige engelsmannen kommer närmast från Bournemouth, som han lämnade i somras.
Newcastle ligger näst sist i tabellen och har inte vunnit en enda match på elva omgångar.