Operationen utfördes av två kirurger på ett sjukhus i Rom med översyn av Milans läkare och knäspecialist.
Den 39-årige anfallaren skadade sig i Serie A-bortamötet med Juventus (3–0) den 9 maj och lämnades sedan utanför Sveriges EM-trupp.
Det är oklart när Ibrahimovic, som gjorde 15 ligamål den gångna säsongen och har ett kontrakt som löper ut den 30 juni nästa år, kan spela igen.
"Zlatan mår bra och kommer omedelbart att inleda sin rehabilitering", skriver Milan på sin webbplats.