Anledningen till beslutet är att indonesiska provinsen Balis guvernör klargjort att Israels landslag inte är välkommet att delta, trots att nationen var kvalificerad för U20-VM.
Uttalandet kommer i kölvattnet av de stora demonstrationerna i huvudstaden Jakarta till stöd för den palestinska sidan i konflikten med Israel.
Det muslimska landet Indonesien har ingen diplomatisk relation med Israel.
Fifa vill inte gå in på närmare detaljer och det är i nuläget oklart var mästerskapet spelas. Man poängterade även att Indonesien kan straffas med ytterligare sanktioner.
"Jag gjorde mitt bästa och jag har pratat med Fifa-ordföranden Gianni Infantino, men vi måste respektera deras beslut", säger Erick Thohir, ordförande i det indonesiska fotbollsförbundet.
U20-VM spelas 20 maj–11 juni. Sverige är inte kvalificerat för mästerskapet.