Det meddelar SM-guldklubben i ett pressmeddelande.
"Bonke är väldigt uppskattad för det han gjort i MFF både på och utanför planen men den här gången lyckades vi inte hitta en väg vidare tillsammans. Vi vill tacka honom för hans insatser för föreningen och önskar honom lycka till i nästa steg i karriären", säger MFF:s sportchef Andreas Georgson.
Under sin tid i MFF vann Innocent tre SM-guld.
"Malmö FF kommer alltid vara mitt lag. Klubben har en stor plats i mitt hjärta, för evigt", säger han i pressmeddelandet.
Innocent, som har två landskamper för Nigeria på meritlistan, har inte gjort klart med något nytt lag.