Tisdagskvällens herrmatch spelades i Mashhad i nordöstra Iran. Totalt hade 12 500 biljetter sålts till matchen, varav runt 2 000 till kvinnor.
Men många kvinnor stoppades, enligt iranska medier, från att ta sig in på Rezastadion.
– Jag ber om ursäkt för att många inte fick tillträde till stadion, säger stadens borgmästare Mohsen Davari till den statliga tv-stationen IRIB.
Irans president Ebrahim Raisi beordrade på onsdagen inrikesministern att utreda saken.
I januari fick kvinnor för första gången på nästan tre år tillåtelse att se fotboll från läktarplats när Iran mötte Irak i VM-kvalet.
Iran har haft ett generellt förbud mot kvinnliga åskådare på fotboll och andra sportevenemang sedan den islamiska revolutionen 1979. Att förbudet lyftes kom sedan Internationella fotbollsförbundet Fifa i september 2019 hotat nationen med sanktioner.
Då hade en kvinnlig supporter, Sahar Khodayari, bränt sig själv till döds i fruktan över att hamna i fängelse sedan hon försökt ta sig in på en fotbollsmatch förklädd.