Den 23-årige anfallaren kommer i stället att träna individuellt under onsdagens träning.
Utöver Isaks frånvaro meddelar landslaget även att målvakten Robin Olsen inte kommer medverka fullt ut.
Under tisdagens kollektiva träning på Stockholms stadion saknades Olsen och mittfältaren Emil Forsberg där båda tränade på egen hand.
– Jag fick en smäll på foten i lördags och har haft lite svullnad. Vi har tagit det lite försiktigt, men nu känns det bra, sade Forsberg då.
Sverige möter Serbien i Belgrad på lördag och Slovenien hemma på Friends arena på tisdag i Nations Leagues sista gruppspelsmatcher.
För svensk del gäller det att ha Slovenien bakom sig i sluttabellen för att hänga kvar i B-divisionen.