Vid ställningen 0–0 lade sig Isak ner och tog sig för höger ben innan han fick behandling på planen. Men den svenske fotbollsstjärnan skakade snart på huvudet och byttes sedan ut mot Callum Wilson.
24-åringen missade också den senaste EM-kvalsamlingen med Sverige på grund av skada, men gjorde comeback i Premier League i helgen, när han byttes in i den 69:e minuten mot Crystal Palace.
Isak spelade sin 25:e match i någon av de europeiska cuperna, sju år efter debuten i Europa League med AIK.
Han har ännu inte lyckats näta i Champions League.
Chanser för Wilson
I ösregnet på St James' Park skapade Dortmund de hetaste chanserna de första 45 minuterna och satte Newcastles målvakt Nick Pope ordentligt i arbete.
Kort före halvtid kom utdelningen när Nico Schlotterbeck spelade fram Felix Nmecha till tyskarnas ledningsmål.
Callum Wilson hade två fina möjligheter att kvittera för Newcastle, men antingen parerade Dortmunds målvakt Gregor Kobel eller så nickade Wilson i ribban.
I den fjärde och sista tilläggsminuten sköt Anthony Gordon i ribban via en försvarare.
Hemma på Parc des Princes gick Paris Saint-Germain fram till 3–0 (Kylian Mbappé, Randal Kolo Muani, Lee Kang-In) mot Milan i gruppens andra match.
PSG toppar gruppen
Gruppen toppas av just PSG på sex poäng, två före Dortmund och Newcastle som parkerar på fyra medan Milan – på två poäng – har ett tufft utgångsläge inför de avslutande tre matcherna.
Etta och tvåan i gruppen går vidare till åttondelsfinal, trean får spela vidare i Europa League.
I nästa omgång, den 7 november, väntar returmatcher i Dortmund och Milano.