Alexander Isak var inblandad i förarbetet till 1–0-målet som Joe Willock nickade in från nära håll i 65:e minuten sedan Allan Saint-Maximin passat fram med huvudet.
Där tog Willock revansch för jätteläget han brände fem minuter före paus då han sköt över från nära håll.
Inhopparen Callum Wilson, som ersatte Alexander Isak i 80:e minuten, säkrade sedan segern när han nickade in 2–0 i slutet.
Nära nätkänning
Alexander Isak kunde ha gett Newcastle en drömstart, men hans nick från nära håll reflexräddades av Unitedmålvakten David de Gea.
– Jag hade några chanser i första där jag hade kunnat göra det bättre. Så länge jag kommer till chanser så kommer det att bli bra. Vi har bra energi i dag och förtjänar vinsten, säger Isak.
Det var Newcastle som var spelförande och skapade det mesta och bästa och när Isak byttes ut i den 80:e minuten fick han välförtjänta applåder från hemmapubliken på St James' Park.
Lindelöf bänkad
Det blev aldrig någon svenskduell i matchen då Unitedbacken Victor Nilsson Lindelöf som så många gånger den senaste tiden fick inleda på bänken. Han byttes in i den 83:e minuten, men då var Alexander Isak redan utbytt.
Newcastle lyfte tack vare segern från femte till tredje plats i tabellen och petade ned United till fjärde plats.
Manchester United har drabbats av måltorka i Premier League och blev mållöst för tredje PL-matchen i rad.
I bottenstriden tog West Ham en viktig trepoängare genom att besegra Southampton hemma med 1–0. Nayef Aguerd nickade in matchens enda mål efter en frispark i 25:e minuten.
West Ham klättrade till 14:e plats i den jämna bottenstriden, med en poängs marginal till nedflyttningsstrecket. Southampton ligger sist.