"Det är ett privilegium att få förtroendet som förbundskapten för det svenska U21-landslaget. Det är ett väldigt ärofyllt uppdrag som jag känner stor ödmjukhet inför", säger han på Svenska fotbollförbundets hemsida.
Den 43-årige Gustafsson har tidigare basat över Halmstad och IFK Norrköping i allsvenskan, samt Hajduk Split i kroatiska högstaligan.
"Han är en tränare som har viktiga grundvärderingar gällande utbildning och långsiktighet. Det känns jättebra att han är på plats", säger Claes Eriksson, chef för ungdomslandslagen.
Företrädaren Poya Asbaghi lämnade rollen som förbundskapten i november för att i stället ta över engelska Championshiplaget Barnsley.
Sverige leder just nu sin EM-kvalgrupp med en poäng före Italien, som har två matcher färre spelade.