Landslaget vägrade att spela matchen, som spelades omkring 50 kilometer sydost om Johannesburg, eftersom de ansåg att planen var i för dåligt skick och kunde leda till skador.
På grund av landslagets bojkott tvingades Sydafrika kalla upp lokala spelare, inklusive en 13-åring. Landslagsspelarna anlände till matchen, som Botswana vann med 5–0, i halvtid och kollade sedan på från läktaren.
En hög tjänsteman från det sydafrikanska fotbollsförbundet (Safa), som vill vara anonym, berättar för tidningen City Press att spelarna betedde sig som "legosoldater" och "förrädare".
Utöver en fotbollsplan i dåligt skick är de sydafrikanska spelarna missnöjda med de ekonomiska förutsättningarna inför VM.
I världsmästerskapet, som inleds 20 juli och spelas i Australien och Nya Zeeland, ställs Sydafrika mot Sverige, Argentina och Italien i grupp G.
Enligt spelarna får de 30 000 dollar (cirka 325 000 kronor) vardera från Fifa för att delta i VM.
– Spelarna är orimliga i sina krav. Vad Fifa har förbundit sig att ge dem är mycket mer än vad vi har förbundit oss till något av landslag tidigare, säger Gronie Hluyo, Safas ekonomichef.