Anledningen till beslutet är att en förundersökning gjord av landets kultur- och idrottsministerium visar att fotbollsförbundet inte kunnat redovisa för pengar som förbundet fått i regeringsstöd.
Kenyas idrottsminister Amina Mohamed uppmanar polis och andra berörda myndigheter att utreda ärendet vidare för att avgöra om det går att väcka åtal.
VM-kvalmötet mellan Uganda och Kenya kommer att spelas enligt plan.