Den 28-årige Berisha kom till Hammarby i somras från Viking Stavanger och skrev ett kontrakt på 4,5 år.
Nu blev det bara 15 tävlingsmatcher och fyra mål.
"Det var ju inte tänkt att Veton skulle vara en så kort tid i Hammarby i och med hans långa avtal, men med Moldes intresse och spelarens vilja samt att vi känner att vi kan göra Hammarby bättre valde vi att gå med på affären. Vi tackar Veton för den här korta tiden och önskar honom lycka till", säger sportchefen Jesper Jansson till Hammarbys webbplats.
Molde har inte gått ut med någon övergångssumma, men norska TV2 skriver att totalsumman för övergången är 37 miljoner kronor.
– Det känns bra att vara på plats. Det är härligt och en stor utmaning att komma till en toppklubb i Norge som både är regerande cup- och seriemästare, säger Berisha till Romsdals Budstikke.
Berisha, som gjort tio landskamper för Norge, har skrivit fyraårskontrakt med Molde.