PSG-tränaren Mauricio Pochettino sade att den senegalesiske landslagsmittfältaren, som reste med laget till bortamatchen mot Montpellier i helgen men sedan ströks ur truppen, saknades av "personliga skäl".
Enligt franska radiostationen RMC ska det i stället ha berott på att Idrissa Gueye inte ville bära en tröja med hbtqi-rörelsens regnbågsfärger på.
Gueye har nu fått hård kritik för sitt påstådda beslut. Organisationen Rouge Direct, som arbetar mot homofobi inom fotbollen, vill att PSG och ligan ber Gueye om en förklaring.
Frågan har även blivit politisk. Republikanen Valérie Pécresse, som ställde upp i det franska presidentvalet nyligen, kritiserar också PSG-spelaren.
"Spelarna i en fotbollsklubb, och i synnerhet de i PSG, är symboler som unga personer vill identifiera sig med. De har en plikt att föregå med gott exempel. Att Idrissa Gana Gueye då vägrar att ansluta sig till kampen mot homofobi kan inte fortsätta utan att sanktioner införs", skriver hon på Twitter.
Gueye får däremot stöd av Senegals president, Macky Sall.
"Jag stödjer Idrissa Gana Gueye. Hans religiösa övertygelser måste respekteras", skriver Sall på sitt officiella Twitter-konto.
Det är andra året i följd som proffsklubbar i Frankrike – som har stora problem med homofobiska, rasistiska och sexistiska ramsor på fotbollsarenorna i landet – under en ligaomgång bär matchtröjor med regnbågsfärger.
Enligt L'Équipe missade Idrissa Gueye även motsvarande match förra året, och uppgav då magkatarr som orsak.