Persson, som är klar som ny tränare för danska AC Horsens, gav beskedet till ordförande Karlsson under tisdagen.
– Det var helt oväntat. "Jocke" ville att vi skulle träffas, då tänkte jag att nu har han nog en bra spelare på gång, men det så var det inte. Nu är det som det är, det är så i den här branschen, det svänger fort. Vi kan bara önska "Jocke" stort lycka till i framtiden, säger Karlsson till TT.
Karlsson beskriver beskedet som chockartat.
– För det första har vi lärt känna varandra bra personligt, "Jocke" och jag. Man blir vänner och har ständig kontakt, det är mer än en tränare som vi kommer sakna. "Jocke" säger att det har varit ett svårt beslut.
– Från vår sida är vi inte glada, men det är så det är, man får respektera att sagor tar slut ibland.
Sist i allsvenskan
TT: Ni är inte glada säger du, är ni besvikna med tanke på tajmingen då allsvenskan drar i gång nu till helgen igen?
– Tajmingen är aldrig rätt när man än fattar några beslut. Det spelar egentligen ingen roll när sådant här kommer, det är alltid fel tajming. Vi kommer hitta en lösning på det här också, det är jag helt övertygad om.
Spelargruppen fick beskedet på onsdagen och under kvällen kommer Varberg ha ett extrainsatt styrelsemöte där bland annat nya tränarnamn ska diskuteras.
TT: Vem leder laget mot Djurgården på söndag?
– Jag kan inte svara direkt på det, men det är ingen raketforskning att Fredrik Danielsson (assisterande tränare) blir med i Stockholm, säger Karlsson.
TT: Hur påverkar det här resten av säsongen? Ni är sist i allsvenskan.
– Det är väl ingen hemlighet att säga att det är ett jobbigt läge. Vi är sist i allsvenskan. Vi ska göra så gott vi kan, vi kommer inte ge oss frivilligt i alla fall. Nu kommer gruppen behöva bekänna färg.
Ersätter "Blåvitts" nye tränare
Joakim Persson anslöt till Varberg inför säsongen 2018 och ett år senare var han med och säkrade klubbens historiska allsvenska uppflyttning.
"Jag måste få tacka BoIS för helt fantastiska år och fantastiska spelare och människor runt omkring och även experterna som följer varje träning", säger Persson i en kommentar på klubbens hemsida.
I AC Horsens ersätter Persson dansken Jens Askou på tränarposten, Askou presenterades nyligen som ny tränare för IFK Göteborg.
"Jag har fått ett riktigt gott intryck av den sportsliga ledningen och spelartruppen och jag har inga tvivel om att vi tillsammans kan nå klubbens målsättning", säger Persson i en kommentar på den danska klubbens hemsida.