Skånelaget, som tack vare förra säsongens tredjeplats i damallsvenskan fick chansen att kvala in till turneringen, ställdes mot nederländska Ajax.
Champions League-kvalets första av två rundor spelas som en turnering mellan fyra lag på neutral plan i danska Hjörring.
För Kristianstad började det bra.
I den 19:e minuten gav Evelyne Viens Kristianstad ledningen. En ledning man höll en bra bit in i andra halvlek.
Men i 63:e minuten kom kvitteringen genom Victoria Pelova och 20 minuter senare gav Eshley Bakker Ajax ledningen.
Nederländskorna vann till slut med 3–1 och får möta vinnaren mellan tyska Eintracht Frankfurt och danska Fortuna Hjörring.