"Situationen i Afghanistan är mycket oroande och Fifa övervakar den noga. Fifa är fortsatt engagerade i att få fotbollen att växa globalt, vilket inkluderar utvecklingen av damfotboll i Afghanistan.", skriver förbundet i ett uttalande.
"Det är också tydligt att situationen på plats förändras fort."
Sport är ett kontroversiellt ämne och senast talibanerna hade kontroll över Afghanistan fick kvinnor inte idrotta alls. Manliga släktingar fick idrotta, men med restriktioner.
Damlandslagets före detta kapten, Khalida Popal säger till AP att spelarnas liv är i fara.
– Jag har sagt till dem att de borde ta bort sina konton på sociala medier, ta bort bilder, fly och gömma sig, säger hon.
– Det är hjärtskärande för vi har under alla dessa år jobbat för att öka kvinnors synlighet och nu säger jag åt mina kvinnor i Afghanistan att hålla tyst och försvinna. De gömmer sig. De flesta har lämnat sina hem och gömt sig hos släktingar eftersom deras grannar vet att de är fotbollsspelare.
Det afghanska damlandslaget är rankat 152 av 167 på Fifas världsrankning.