"Hon drabbades av en skada i vänster fotled", skriver Bundesligaklubben på sin webbplats.
Den svenska landslagsanfallaren blev både in- och utbytt i slutet av matchen på Camp Nou som var den första i ett kvartsfinalmöte där returen spelas i Tyskland på lördag, valborgsmässoafton.
För 24-åriga Blomqvist kommer skadan olägligt då hon jagar en plats i den svenska truppen till fotbolls-EM i England i juli.