Barcelona ska under 2001–2018 betalat 7,3 miljoner euro (motsvarande drygt 80 miljoner kronor) till ett företag ägt av José María Enríquez Negreira, dåvarande vice ordförande i den spanska domarkommittén.
Spanska åklagare har öppnat en utredning gällande korruption, bedrägeri och förfalskning av affärsdokument.
Storklubbens ordförande Joan Laporta har inte uttalat sig i ämnet – förrän nu.
Under en presskonferens säger han att "det är omöjligt att bevisa" med förklaringen att de inte har gjort det som klubben anklagas för.
– Barcelona har aldrig gjort något för att få fördel, säger han.
– Åklagaren har inte kunnat bevisa att betalningarna till företaget kopplat till Negreira skulle kunna påverka valet av domare eller resultat.
I mars meddelade Europeiska fotbollsförbundet Uefa att även de har startat en utredning i ärendet.
Situationen är "extremt allvarlig", menade Uefas ordförande Aleksander Ceferin.
– Det är en av de allvarligaste händelserna jag har sett inom fotbollen, sade han.