Werner skriver i ett brev till Oudéa-Castéra och den franska regeringen att han blev helt förskräckt över hennes uttalanden om händelserna utanför arenan.
Oudéa-Castéra skyllde till en början på Liverpool som hon menar var en del av problemet som ledde till händelserna- Till en fransk radiokanal sade hon att klubben misslyckats att organisera sina fans ordentligt.
Den franska regeringen har dessutom hävdat att massivt biljettfusk bidrog till kaos-scenerna innan matchen mot Real Madrid.
Kräver en ursäkt
Bilderna från kvällen har gjort att frågan lyfts om Paris kan anordna stora evenemang, såsom OS 2024.
"Jag skriver till er idag, helt förskräckt att en minister i den franska regeringen... skulle kunna göra en rad obevisade uttalanden om en fråga av sådan betydelse innan en ordentlig, formell, oberoende utredningsprocess ens har ägt rum", skriver Werner bland annat i sitt brev till den franska regeringen, som läckts till lokaltidningen Liverpool Echo.
"Dina kommentarer var oansvariga, oprofessionella och helt respektlösa mot de tusentals fans som skadades fysiskt och psykiskt", tillägger han.
"Å alla fans, som som upplevde denna mardröm, vägnar kräver jag en ursäkt från dig, och en försäkran att franska myndigheter och Uefa kommer att låta en oberoende och transparent utredning få fortsätta."
Väcker traumatiska minnen
Flera supportrar har vittnat om kaoset som uppstod inför matchen på Stade de France, som väckt smärtsamma minnen från Hillsborough-katastrofen 1989, där polisens misslyckade kontroll av folkmassan ledde till att 97 människor dog.
Sedan, som i helgen, skyllde polisen till en början på biljettlösa fans, men de friades efter en lång juridisk kamp.
I sitt brev kallade Werner händelserna i Paris "otroligt farliga för alla som deltog" och avrådde från "att skylla på varandra på presskonferenser".
"Jag har fått otaliga mejl från Liverpool-supportrar som varit livrädda och utsatta för polistrakasserier, pepparspray och tårgas", tillade han.