Det var mållöst fram till den 70:e minuten, men därefter small det till ordentligt.
Ljungskiles Albin Skoglund satte öppningsmålet och tio minuter senare kom kvitteringen på hörna genom Pontus Rödin.
I den 86:e minuten placerade Linus Dahl elegant in det avgörande 2–1-målet.
Efter segern går Ljungskile upp på 15:e plats i superettan, två poäng före AFC Eskilstuna.
Jönköpings Södra är ny trea efter att ha slagit Dalkurd med 2–1 Även där blev det ett sent avgörande. J-Södras mittfältare Fredric Fendrich satte det avgörande målet i den 89:e minuten.
Tabellettan Degerfors kom till bortamötet mot Gais med tre raka segrar i ryggen. Men efter en mållös match krympte avståndet till jagande Halmstad. Tre poäng skiljer mellan lagen.