"Skadans karaktär innebär att vi gör bedömningen att den tid som finns under mästerskapet inte räcker till för att få Hanna tillbaka i spel. Vi lider verkligen med Hanna och kommer stötta henne för att få henne tillbaka till fotbollsplanen så fort som möjligt", säger landslagsläkaren Houman Ebrahimi till förbundets hemsida.
Lundkvist, som till vardags spelar i Atlético Madrid, var den svenska VM-truppens enda renodlade högerback.
"Vi alla lider självklart med Hanna i denna tuffa situation. Jag har sagt det tidigare, men skador är den allra jobbigaste delen av fotbollen och givetvis är det extra tufft så här nära inpå en mästerskapspremiär. Nu får vi stötta Hanna så bra vi bara kan i hennes väg tillbaka till fotbollsplanen", säger förbundskapten Peter Gerhardsson.
Stina Lennartsson, 26, från Linköping FC kommer ansluta till landslagets bas i Wellington för att ersätta Lundkvist.
"Stina var väldigt nära att komma med i den här VM-truppen när den togs ut", säger Gerhardsson.
Sverige möter Sydafrika i VM-premiären på söndag.