Den 31-årige brasilianske stjärnan sågs anlända till Aspetarsjukhuset i Doha på kryckor efter den skada i höger fot som kommer att hålla honom borta från spel resten av säsongen.
"Neymar Jr genomgick en lyckad operation i morse. Spelaren kommer nu att följa ett upplägg med vila och behandling", skriver PSG i ett uttalande.
Operationen gjordes av den brittiske läkaren James Calder som opererat flera av de största europeiska fotbollsstjärnorna.
Neymar kommer att vara borta i upp till fyra månader och är bara det senaste av skadebakslag han haft sedan han värvades för rekordsumman 222 miljoner euro, motsvarande drygt 2,5 miljarder kronor, 2017.
Sedan dess har Neymar bara spelat i 112 av PSG:s 228 matcher i franska ligan.
"Jag kommer tillbaka starkare", skrev Neymar på sitt Twitterkonto tidigare i veckan när det stod klart att hans skada behövde opereras.
PSG utan Neymar åkte tidigare i veckan ur Champions League efter förlust i åttondelsfinal mot Bayern München.