20-åringen spelade tidigare i Jönköpings Södra men lämnade för Brighton 2018. Han har haft svårt att ta en plats i Premier League-klubbens A-lag, och under säsongen har det bara blivit två inhopp i ligacupen.
Kontraktet med Malmö sträcker sig till slutet av 2024.
– Malmö FF är en av Skandinaviens största klubbar och det är ingenting som man kan tacka nej till, säger Peter Gwargis på pressträffen.
Gwargis är en vänsterfotad och offensiv spelare vars favoritposition är högerytter.
"Han är en väldigt spännande spelare med bra speluppfattning som är skicklig på att vika in och komma till avslut med sin fina vänsterfot", säger sportchefen Daniel Andersson i ett pressmeddelande.