Implantaten opererades in efter att målvaktsstjärnan brutit benet i en skidolycka i december.
Den 37-årige tysken har inte spelat match sedan VM i Qatar förra året.
"I söndags genomfördes en planerad metallborttagning, i Manuel Neuers högra vadben, framgångsrikt. FC Bayern-kaptenen återupptog omedelbart sin rehabiliteringsträning," skriver klubben på sin webbplats.
När Neuer kan ingå i en matchtrupp igen specificeras inte.
Bayern inleder säsongen på lördag. Då ställs de regerande Bundesligamästarna mot Emil Forsbergs Leipzig i den tyska supercupfinalen. Därefter inleder klubben ligaspelet 18 augusti mot Werder Bremen.