Argentinaren är nominerad trots att han bara hann spela sex ligamatcher för Inter Miami under säsongen.
Messi spelade sin första match med Miami i MLS den 26 augusti och gjorde då ett av målen i 2–0-vinsten mot New York Red Bull.
Men ett skadat ben i slutet på säsongen gjorde att Messi inte kunde hjälpa till att lyfta Miami från botten av tabellen och laget missade ännu en gång att nå slutspel.
Utmärkelsen årets nykomling kan tilldelas professionella spelare som gjort sin debut under säsongen. Årets nominerade är, förutom Messi, Atlantas grekiske forward Giorgos Giakoumakis och St Louis Citys tyske mittfältare Eduard Lowen.
Messi var också nominerad till utmärkelsen mest värdefulle spelare men lyckades inte bli en av de tre finalisterna i den kategorin.
De tre finalisterna till den utmärkelsen är Los Angeles Denis Bouanga, FC Cincinnatis mittfältare Luciano Acosta och Atlantas Thiago Almada.