Målet, det 104:e i landslagströjan för den 36-årige lagkaptenen, kom på en frispark i den 78:e minuten och innebar att oron släppte för den 83 000 personer starka hemmapubliken på Monumental de Nuñez Stadium i Buenos Aires.
Ecuadorianerna stod annars för en solid defensiv insats och hade fram till målet lyckats mota den argentinska offensiven på ett effektivt sätt och dessutom producerat ett par giftiga kontringar.
Men när Messi väl fick chansen fanns inte mycket att göra. Ecuadors målvakt Hernán Galíndez kunde bara se på när frisparken letade sig in tätt invid den vänstra stolpen.
Fotbolls-VM 2026 hålls i USA, Kanada och Mexiko och kommer att spelas med 48 lag i stället för dagens 32.