Avgörandet på An der Alten Försterei-stadion i Berlin kom sent. I den 89:e minuten pekade domaren Aleksandar Stavrev på straffpunkten efter att inbytte (och sedermera utvisade) Emmanuel Lomotoey rivit ner en hemmaspelare och Robin Knoche var säkerheten själv.
– När du gör misstag i Europa så straffas du på ett annat sätt. Lagen har en annan spets än i allsvenskan. Det är olyckligt att de får med sig en straff, det känns som vi måste vara lite mer cyniska och i vissa delar måste spela lite mer säkert och inte ge bort de här lägena, säger Beijmo.
Förlusten innebär att Malmö FF inte längre har någon möjlighet att ta sig vidare till slutspel i varken Europa League, eller i Conference League.
Bättre insats
Det var ett mer påkopplat Malmö FF vi fick se i den första halvleken än tidigare under Europahösten.
Men likväl saknades något.
MFF hängde bra med i spelet – men hade förtvivlat svårt att skapa några rejäla målchanser mot Bundesligaettan. Det stora bollinnehavet resulterade inte i mer än ett par nästanlägen och Union Berlin hade nog inte någonting emot att låta Malmö hålla i bollen.
– Det är tufft. Vi gör en riktigt bra match på bortaplan mot laget som leder Bundesliga. Jag tycker vi är spelförande större delen av matchen och är det bättre laget i alla fall i första halvlek, säger Beijmo till Viaplay.
I den andra halvleken försökte MFF dra ner på tempot och spelavbrotten blev både många och långa, men samtidigt var det tydligt att skåningarna gick på knäna ju längre matchen led.
Och som om det inte vore nog med förlusten och uttåget ur Europa League, både Jo Inge Berget och Oscar Lewicki haltade av planen med skador. Hur allvarligt ställt det är med duon är oklart.
Malmö FF har nu två, sportsligt sett, betydelselösa matcher kvar i Europa League-gruppspelet. Härnäst väntar belgiska Union St Gilloise på hemmaplan och sedan står Braga för motståndet i epilogen i början av november.
Svårt för United
Noterbart i Europa League i övrigt var att formsvaga Manchester United, med Victor Lindelöf i startelvan, hade det förtvivlat svårt hemma mot cypriotiska Omonia Nicosia i grupp E. Först i den 93:e minuten skickade mittfältaren Scott McTominay in matchens enda mål, ett mål som innebär att United tar ett järngrepp om en slutspelsplats i gruppen.