Mihajlovic, före detta serbisk landslagsspelare och fotbollstränare, avled i fredags efter en lång kamp mot leukemi.
Roberto Mancini, Attilio Lombardo och Dejan Stankovic, tidigare lagkamrater till Mihajlovic, var några av de personer som bar ut kistan efter ceremonin. Kistan bars ut till applåder från de som fortfarande var inne i kyrkan.
Mihajlovic och den italienske förbundskaptenen Mancini var lagkamrater i både Sampdoria och Lazio. Mancini var senare även tränare för Mihajlovic i Lazio och Inter och duon stod varandra nära.
Säsongen 1999/2000 ledde Sven-Göran Eriksson, "Svennis", Lazio till Serie A-titeln med både Mancini och Mihajlovic i laget.
Mancini sade inför måndagens begravning att Mihajlovic "kämpade som ett lejon in i det sista, precis som han gjorde på fotbollsplanen".
Bland de sörjande i kyrkan fanns bland annat den tidigare serbiske försvararen Aleksandar Kolarov, som även han spelat för Lazio och Inter. Där fanns också namn som Francesco Totti, Franco Baresi, Daniele De Rossi, Angela Di Livio och Stefano Fiore.
Enligt tidningen Corriere dello Sport var även Roms borgmästare Roberto Gualtieri och Italiens idrottsminister Andrea Abodi närvarande.
Mihajlovic, född i nuvarande Kroatien, hade serbisk pappa och kroatisk mamma.
Han var som aktiv hårdför mittback och vänsterback och var en erkänt skicklig frisparksskytt.
Som tränare har han lett bland annat Fiorentina, Sampdoria, Milan, Torino och senast Bologna. Han var även förbundskapten för hemlandet Serbien 2012–2013
Sinisa Mihajlovic blev 53 år.