Den 24-årige mittbacken, som lånades in från ryska Rostov förra säsongen, kommer att fortsätta karriären "på annat håll", skriver MFF.
Hadzikandunic var ordinarie i MFF förra säsongen, både i allsvenskan och i Europaspelet. I allsvenskan spelade han i 25 av 30 matcher och gjorde ett mål för tabellsjuan.
Enligt Transfermarkt löper Hadzikadunics kontrakt med Rostov ut i sommar.