Utöver två matchers avstängning får portugisen även böta omkring 110 000 kronor, uppger Serie A på sin hemsida.
Mourinho hamnade i bråk med fjärdedomaren i början av andra halvlek och förklarade efteråt att hans reaktion berodde på hur han behandlades av domaren. Dessutom straffas Mourinho för att ha besökt domarens omklädningsrum efter matchen.
Roma förlorade mötet med 1–2.
Rom-klubben får nu klara sig utan portugisen i de två kommande Serie A-matcherna mot Juventus och Sassuolo.